En 2026, le logiciel de facturation est devenu un outil central pour les entreprises françaises. Avec la généralisation progressive de la facturation électronique, les obligations réglementaires (Factur-X, e-reporting, PDP), la recherche d’automatisation et l’intégration croissante de l’IA, les attentes ont fortement évolué.

Que vous soyez TPE, PME, indépendant ou cabinet comptable, choisir le bon logiciel de facturation conditionne la conformité légale, la productivité et la visibilité financière.

Cet article présente les 10 meilleurs logiciels de facturation en 2026, sur la base de critères objectifs : fonctionnalités, conformité réglementaire, ergonomie, évolutivité et rapport qualité/prix.

Comment avons-nous sélectionné ces logiciels ?

Les solutions listées ci-dessous ont été évaluées selon les critères suivants :

• Conformité à la facturation électronique 2026

• Émission de factures Factur-X

• Gestion TVA, acomptes, avoirs

• Automatisation (relances, exports, OCR)

• Intégration comptable / bancaire

• Hébergement et support en France ou UE

• Adaptation aux TPE, PME ou structures plus complexes

1. DeeOps

DeeOps s’impose en 2026 comme une solution de facturation nouvelle génération, intégrée à un ERP intelligent orienté pilotage financier.

Points forts

• Facturation électronique conforme (Factur-X, e-reporting)

• Automatisation via IA (assistant Néo)

• OCR factures fournisseurs

• Prévision de trésorerie

• Collaboration cabinet comptable

Pour qui ?

PME, cabinets comptables, entreprises en croissance recherchant un outil centralisé et évolutif.

2. Sage

Sage reste une référence historique en matière de facturation et de gestion commerciale.

Points forts

• Large écosystème

• Conformité réglementaire avancée

• Intégration comptable robuste

Limites

• Coût élevé

• Interface parfois complexe pour les TPE

3. Cegid

Cegid propose des solutions solides pour les PME et ETI.

Points forts

• Très bon niveau de conformité

• Gestion multi-entités

• Outils analytiques avancés

Limites

• Peu adapté aux indépendants

• Paramétrage parfois lourd

4. Pennylane

Pennylane séduit par son approche collaborative entreprise / expert-comptable.

Points forts

• Interface moderne

• Facturation + comptabilité intégrées

• Automatisation bancaire

Limites

• Moins flexible sur les règles métier complexes

5. EBP

EBP reste très présent auprès des TPE et PME françaises.

Points forts

• Solution éprouvée

• Versions desktop et cloud

• Bonne couverture fonctionnelle

Limites

• UX vieillissante

• Peu orienté IA

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6. Henrri

Henrri est une solution gratuite populaire chez les indépendants.

Points forts

• Gratuit

• Simple à prendre en main

• Conforme aux obligations de base

Limites

• Peu évolutif

• Fonctions avancées limitées

7. Axonaut

Axonaut combine facturation, CRM et gestion commerciale.

Points forts

• Solution tout-en-un

• Bonne ergonomie

• Automatisations commerciales

Limites

• Moins adapté aux structures complexes

8. Sellsy

Points forts

• Facturation liée au CRM

• Workflows commerciaux

• Bon suivi client

Limites

• Facturation moins poussée que les ERP financiers

9. QuickBooks

QuickBooks reste apprécié pour sa simplicité.

Points forts

• Interface intuitive

• Déploiement rapide

• Bon rapport qualité/prix

Limites

• Adaptation réglementaire française parfois limitée

10. Zoho Invoice

Zoho Invoice est une solution internationale efficace.

Points forts

• Version gratuite

• Nombreuses intégrations

• Interface moderne

Limites

• Conformité française à vérifier selon usage

Tableau comparatif synthétique

Comment choisir le bon logiciel de facturation en 2026 ?

Posez-vous les bonnes questions :

• Suis-je concerné par la facturation électronique obligatoire ?

• Ai-je besoin d’un outil simple ou évolutif ?

• Dois-je collaborer avec un cabinet comptable ?

• Souhaité-je automatiser la trésorerie et les achats ?

Conclusion

En 2026, le meilleur logiciel de facturation est celui qui va au-delà de l’édition de factures. Il doit garantir la conformité réglementaire, automatiser les processus et offrir une vision claire de la performance financière.

Pour une approche moderne, intelligente et évolutive, les solutions comme DeeOps, Pennylane ou Sage se distinguent clairement.

FAQ – Logiciel de facturation 2026

Quel est le meilleur logiciel de facturation en 2026 ?

Cela dépend de la taille de l’entreprise. DeeOps est particulièrement adapté aux PME et cabinets comptables.

La facturation électronique est-elle obligatoire ?

Oui, progressivement à partir de 2026 pour toutes les entreprises françaises.

Un logiciel gratuit suffit-il ?

Pour un indépendant, oui. Pour une PME, un logiciel évolutif est fortement recommandé.